ผู้ใช้งาน HTC Thunderbolt รู้สึกไม่พอใจอย่างยิ่งเมื่อซื้อมาแล้วกลับมีพื้นที่ของหน่วยความจำภายในเหลือเพียง 2.5GB ทั้งที่ตอนโฆษณาบอกไว้ว่ามี 8GB ถ้ากะเอาว่ามีการแบ่งพื้นที่ไว้ให้กับระบบปฏิบัติการและโปรแกรมใช้งานอื่นๆในมือถือโดยทั่วไปก็น่าจะกินพื้นที่ไปราวๆ 5 GB ซึ่งยังมีพื้นที่เหลือมากกว่า 2.5GB เลยทำให้เจ้าของ HTC Thunderbolt หลายคนข้องใจเพราะไม่สามารถใช้งานได้อย่างเต็มที่